يُعتبر  قسم الكيمياء الصيدلية والعقاقير من الأقسام الأساسية في علم الصيدلة ، حيث أنه يشمل المجالات الحيوية والفيزيائية والمجالات ذات العلاقة بالبرامج الحاسوبية لدراسة المركبات الكيميائية وخواصها العلاجية . ويتضمن هذا القسم التطبيقات للقواعد الحيوية والكيميائية علي حدا سواء ، وذلك للتحقق من من شكلها الجزيئي ونشاطها العلاجي حتى يتم تطوير مفاهيم حديثة وممنهجة لدراسة الآثار العلاجية الفعالة والجوانب السلبية للدواء.

كذلك يهتم القسم بدراسة الأنظمة الحديثة والمتطورة في مجال استخلاص الأدوية من المصادر الطبيعية ، والتي لا تحتاج إلى تعديل كيميائي إضافي مما يقلل من مستوي السمية عند استخدامها العلاجي. وأيضا يهتم القسم بتحليل الأدوية بشكل دقيق وحساس جدا في السوائل الحيوية مثل الدم ، بلازما الدم ، مصل الدم ، اللعاب .

ومن أهم ما يدرس في هذا القسم لطلاب وطالبات الصيدلة أيض الأدوية عن طريق إنزيمات الكبد أو الإنزيمات الحيوية الاخري ، والتي تنتج مركبات ذات فعالية معتبرة ذات اثر واضح وجلي إما ان يكون علاجي أو سمي.  .